Este último tiempo he visto dos películas en mi debian (una de Pokemon y The Boondock Saints).
Primero fue un jaleo verlo con subtítulos, me cabecié buscando en todos los menúes, y la solución era bastante simple, el fichero de los subtítulos tiene que tener el mismo nombre que el de la película en sí, y la aplicación (por lo menos Totem y Kaffeine) los carga de inmediato.
Tube otro problema que no pude fixear, que fue el desfase de los subtítulos realmente desagradable.